Bert van Dijk heeft een groot aantal cd's opgenomen voor vele bekende labels:

EMI

Chandos

Naxos

Koch Schwann

Etcetera records

TYXart

NMClassics

NCA

Daarnaast is hij verantwoordelijk voor alle opnamen in het Orgelpark Amsterdam en het Internationale Jörg Demus Festival (Freiburg/Duitsland).